Askerî alandaki başarısızlıkları önlemek için 17. yüzyıldan itibaren askeri teşkilatta yeni düzenlemelere ihtiyaç duyuldu. Ancak bu düzenlemelere Yeniçeri ocakları karşı koydular. Yeniçerilerin başlıca ayaklanmaları şunlardır:
1- Yeniçeriler 17. yüzyılın başında sadrazamın görevden alınması için padişah III. Mehmet’i ayak divanına çağırmışlar, padişah istekleri kabul etmek zorunda kalmıştır.
2- Padişah II.Osman Lehistan seferi sırasında yeniçerilerin isteksiz davranışını görünce, sefer dönüşü Anadolu, Mısır ve Suriye’den toplayacağı askerle yeniçerileri kaldırmayı düşünmüş, ancak bunu öğrenen yeniçeriler ayaklanarak II.Osmanı şehit etmişlerdir.
3- IV.Murat saltanatının ilk yıllarında yeniçerilerin isteklerini kabul etmek zorunda kalmış, fakat sonra sert tedbirlerle onları sindirmiştir.
4- IV.Mehmet zamanında zorbalıkları devam eden yeniçeriler 1656’da devlet adamlarını öldürdüler. (Vakayı Vakvakiye=Çınar vakası)
5- 1687’de IV.Mehmet’i tahttan indirerek yerine II.Süleyman’ı geçirdiler.
6- Nizam-ı Cediti kuran III. Selim’i tahttan indirdiler. (Kabakçı Mustafa Ayaklanması)