Kemal Atatürk Anadolu Lisesi 1894 yılında Fransadan Kadıköye gelmiş olan Oblates de l Assomption rahibelerinin 1895 yılında Yeldeğirmeninde eğitime açtıkları bu okula, Kadıköyün önemli azizesi olan Saint Euphemienin adı verilmişti.

Bu rahibeler aslında bugün yerinde olmayan Modadaki Şifa Hastanesi ile ilgileniyorlardı ve 1905 yılından itibaren bu hastanede faaliyet göstermişlerdi. Saint Euphemie Okulu yatılı olarak da hizmet vermiş ve mezunlarını daha çok Notre Dame de Sion Okuluna göndermiştir. Saint Euphemie Okulunun, 1906 tarihli Goad haritalarında görüldüğü gibi, önce Taşlıbayır Sokağında bulunan aşağıdaki binası inşa edilmiş ve faaliyete geçirilmiştir.

Daha sonra yangın geçiren bu binanın bir kat fazlasıyla yenilenmesi ve diğer binaların da inşa edilmesi için 1912 yılında Osmanlı makamlarından irade alınmış, Okul İskele Sokağındaki binası ve kilisesi ile birlikte inşa edilerek bugünkü halini almıştır. 13 Aralık 1934 tarihinde yürürlüğe giren, Bazı Kisvelerin Giyilemeyeceğine Dair Kanunla, kolejlerde öğretmenlik yapan papazlar, rahipler ve rahibelerin çoğunluğu bu kanuna uymakta zorlanmışlar ve ülkeyi terk etmek zorunda kalmışlardı. Onların eğitim verdiği okullar ise eğitim veremez duruma gelmiş, ayrıca ekonomik sebeplerin de etkisiyle kapanmak zorunda kalmışlardı. Daha sonra Maarif Vekâleti (Milli Eğitim Bakanlığı) ne devredilen bu okullardan biri olan Saint Euphemie Okulu da 1935 yılında kimlik değiştirmiş ve 3. Orta Mektep adıyla eğitim vermeye devam etmişti.

1950de Kemal Atatürk Ortaokulu adını alan okulumuz, 1960- 1967 yıllarında Kadıköy Ticaret Lisesine çift tedrisatlı bir düzenleme ile ev sahipliği yapmıştır. 1992de Kemal Atatürk Lisesi ne dönüşen okulumuzun 1994te ortaokul dönemi bitmiştir. 1999 yılındaki depreme kadar öğrencilerine hizmet vermiştir.

2001de Yabancı Dil Ağırlıklı (Süper) Lise dönemi başlar, 2002 yılında okul binası deprem nedeni ile hasar görür ve restorasyona alınır, eğitime Acıbadem semtinde Ahmet Sani Lisesinde devam edilir. 2009 yılında Yabancı Dil Ağırlıklı (Süper) Lise eğitimi biter. 17 Ağustos depremi sonrası başlatılan okulları güçlendirme çalışmaları nedeniyle okulumuz onarımın sona ermesiyle 2009 yılında Yeldeğirmenindeki tarihi mekanına döner.

2012- 2013 Eğitim yılı ile birlikte Kemal Atatürk Anadolu Lisesi olarak eğitime devam etmektedir.

Binamız Yeldeğirmeni ndeki diğer tarihi binalar gibi art-nouveau süslemeleri olan tarzdadır. Bitişiğindeki kilise ( şimdi Yeldeğirmeni Sanat Merkezi) ile birlikte her iki binanın içinde ve dışında korunması gereken önemli öğeler bulunmaktadır. Okulumuz ikinci dereceden tarihi eser kapsamındadır. A, B, C bloklardan ve bir iç avludan oluşan okulumuz ana bina olarak A bloğu kullanmakta olup, C blokta Kadıköy Belediyesi Yeldeğirmeni Sanat hizmet vermekte ve B blok bakım-onarım beklemektedir. Ünlü Pilot Cengiz Topel okulumuzdan mezun olmuş, Osmanlının ilk kadın şairi Nigar Hanımefendi okulumuzda okumuştur. Ömer Seyfettin'in kızı Güner Hanımefendi okulumuzun yatılı öğrencisidir.