Memelilerde beyin merkezleri arasında ilinti sağlar. Vücut sıcaklığı mekanizmasını, sempatik sinir sistemini ve hipofizin çalışmasını denetler. Susama, acıkma hislerinin merkezi olup vücut ısısını ve kan basıncını ayarlar. Ayrıca ürettiği RF maddesi ile hipofizi uyarır. Hipotalamus, bunu başarmak için endokrin ve sinir sistemleri arasındaki bağlayıcı olarak işlev görür. Vücudun birçok temel fonksiyonunda rol oynar: Vücut ısısı Susuzluk İştah ve kilo kontrolü Duygular Uyku döngüleri Cinsel dürtü Çocuk doğurma Kan basıncı ve kalp atışı Sindirim sularının üretimi Vücut sıvıları dengeleme Farklı sistemler ve vücudun bazı kısımları beyne sinyal gönderirken, hipotalamusu, ele alınması gereken dengesiz faktörlere karşı uyarırlar. Hipotalamus daha sonra vücudu dengelemek için doğru hormonları kan dolaşımına salıvererek yanıt verir.