Bir ekosistem biyosferin, bir bölümü ya da parçasıdır ; büyüklüğü ya da genişliği çok değişik olabilir. Bir su birikintisi, bir buğday tarlası birer ekosistemdir. Fakat kurumuş bir Ağaç kütüğü gibi son derece belirgin ve dar sınırlı öğeler de birer ekosistem parçası sayılabilir. Ama kısıtlı ekosistemelerin genellikle zaman içinde sınırlı bir yaşamı vardır. Bu yüzden bunlar birer ekosistem parçası sayılır, sinüzi adıyla anılır. Bunun tam tersine Afrika savanaları ya da Avrupa’nın geniş yapraklı ormanları gibi, kimi ekosistemler çok geniş bölgeleri kaplar. İklimin denetimi altında bulunan kutuplardan ekvatora kadar az çok paralel bölgelere yayılan bu öğeler deformasyon (oluşum) veya biyom adıyla anılır. Bunlar, bir genel görünümün kendine özgü bir direy (fauna) ve bitey (flora) içeren karakteristik ana öğeleridir.
Boyutları ne olursa olsun, bir ekosistemin sınırları az çok belirgindir. Çoğunlukla birbirine komşu ekosistem arasında bir geçiş bölgesi (ekoton) vardır. Geçiş bölgesi, bir ormanın kıyı çizgisi gibi veya ekvator ormanından savanalara geçişte olduğu gibi yaygın bir bölge olabilir. Ekotonların belirgin özelliği, kendine özgü iklimi ve daha zengin direyidir. Bunun için, kıyı kuşu türlerinin sayısı kara ve açık deniz kuşlarınınkinden fazladır. (Çünkü kıyı kesimi, anakara ile Okyanus arasında bir ekoton oluşturur.)
Ekosistemlerin sınırlarının belirlenmesi, özellikle hayvan sayısı gözönünde bulundurulacak olursa, hiç de kolay değildir
Bu konuda birçok örnekleme ve istatistik verilerini değerlendirme yöntemleri bulunmuştur. Bu bakımdan, bellibaşlı hayvan türlerinin bolluğunu, dağılımını, yıllık çevrimlerini, sayılarının azalıp çoğalmasını, metabolizmalarını bilmek gerekir. Bu veriler ya yerinde ya da yetiştirme yoluyla elde edilebilir. Bu birinci aşama tamamlandıktan sonradır ki, ekosistemleri yapısını ve işleyişini incelemeye başlamakmümkün olabilir.